然而，网络上的声音并不是一边倒批评民政局。岭南狮子会的工作人员这样看待网络上对民政局的质疑：“作为一个慈善团体的义工负责人，从1号到现在，我每天晚上10点到凌晨都在旧交易会广场协助民政局派发物品，跟民政局的人也打了无数的交道，其实说实话，他们也很辛苦，他们大部分人已经连续奋战了7~8天，每天睡觉不到5小时。所有民政部的人员全体出动，但人手也远远不够，现在是连各街道的公务员也全部出动，有些公务员完全没有任何民政工作的经验也必须马上投入工作，有时候难怪他们有态度方式之类的不足。”
另一种争议存在于义工组织之间。由于包括广州青年志愿者、狮子会、基督教青年会、麦田计划等在内的各种民间组织常常在同一区域工作，隶属不同团体的义工很容易互相观察。既有动员人数多、但管理松散，缺乏凝聚力的团体，也有理性沉稳、具备一定应急专业性的组织。此次应急救助对于很多非政府组织而言，也是第一次面临重大考验。
媒体的抗灾报道引起了民众的高度关注，民间物资的捐赠一直非常踊跃。在网络上，出现了这样的声音：“对于送到民政局捐赠的物资，他们接受的条件很苛刻：旧的不要，食物要有发票，往往是送去一堆东西，他们挑拣一些，剩下的还要拿回来，对于多出来没有发放完的物资，民政局可能会拿到爱心超市去卖掉。”
对于为什么要有选择地接收物资，为什么食物要有发票，其实都是应急赈灾过程中必须重视的问题。民政局的同志说：“曾有人提出要给我们捐2000份炒面，我们没有接受，我们不知道这炒面吃了究竟安不安全。”大量民众提出捐赠衣物，但旧衣物往往也不被接受。“旧衣物需要杀菌消毒之后才能发放，人流密集，一旦引发传染性疾病无法控制，时间紧张，我们没有人力和物力做这个工作。”
这次罕见的大规模动员救助行动中，大部分老百姓、义工和一些一线的政府公务员一样，缺乏应急救助和捐赠的相关知识，而上述这些信息在救灾过程中以及结束后，都没有被及时而清晰地传递出来。信息发布系统的缺失不只存在于物资捐赠过程中，对义工的组织和管理同样如此，甚至第一线的公务人员往往也不清楚很多变化中的情况。岭南狮子会义工队伍的组织者在出动之前，需要自己通过网络和媒体搜集相关信息，退票点在哪、厕所在哪等等，然后整理出来告诉义工，以便义工在碰到旅客询问时可以提供准确信息。而义工们已经见惯了成群的旅客拎着行李忽然涌来又忽然涌去的慌乱大场面，“都是不准确的信息误导了他们。”一名广州市青年志愿者这样认为。
很显然，这一次的火车站救助行动不仅只是给政府部门提供了一次大规模动员社会义工的机会，对于很多民间组织而言，也是从来没有过的经验。当政府发现原来有这么多民众资源可以动员时，既是机遇更是挑战。早在2005年，广州市民政局便提出，要在年内实现广州市注册义工人数达到创建文明城市所需的户籍人口8%的目标，即义工人数达到60万人。然而一些长期从事志愿服务的义工给出的评价是，“政府重量，而不重质”。拥有1000多万人口的广州并不缺乏义工，不缺乏热心的志愿者，缺的是政府对义工有针对性的管理。“希望不是和政府只有这唯一一次合作。”这是一名尚未在民政局正式注册的助学慈善组织负责人的期待。而越秀区民政局社区服务中心的一位负责人说，他们正在思考这次和义工协同作战的经验，可不可以运用到2010年广州亚运会义工动员和管理工作之中。

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